Në kuadër të Sektorit të sigurisë së ushqimit me prejardhje joshtazore bëhet një numër aktivitetesh, punë normative dhe administrative-juridike të cilat janë në funksion të kryerjes së kompetencave të Agjencisë, krijimit të politikave për ushqimin me prejardhje joshtazore, miratimit të produkteve të përcaktuara që janë në kategoritë e ushqimit që, para se të hidhen në treg, duhet të miratohen, kontrollit dhe miratimit të llojeve të veçanta të ushqimit për shkak të specifikës dhe veprimit të tyre mbi shëndetin e njerëzve. Në sektor bëhet kontrolli dhe miratimi i produkteve dhe i materialeve që vijnë në kontakt me ushqimin, ndërmerren edhe aktivitete që kanë të bëjnë me procedurën e miratimit të vërtetimeve shëndetësore që përdoren për qëllime komerciale gjatë shenjimit, prezantimit dhe reklamimit të ushqimit.
Njëkohësisht në sektor bëhet edhe përgatitja, zbatimi dhe mbikëqyrja e zbatimit të programit të monitoringut për sigurinë e ushqimit, analizës dhe vlerësimit të tij.
Në sektorin bëhet kontroll i ushqimit, produkteve dhe materialeve që vijnë në kontakt me ushqimin, nëpërmjet ndjekjes së zbatimit të rregullave nga fusha e ushqimit dhe merr pjesë drejtpërdrejtë në menaxhimin e rrezikut nga ushqimi.
Akti kryesor juridik sipas të cilit zhvillohen punët e Sektorit të ushqimit me prejardhje joshtazore është Ligji i Sigurisë së Ushqimit [lidhje] (“Gazetë Zyrtare e Republikës së Maqedonisë së Veriut” nr. 157/2010, 53/2011, 1/2012, 164/2013, 187/2013, 43/2014, 72/2015, 123/2015, 129/2015, 213/2015, 39/16)
Në Sektorin e ushqimit me prejardhje joshtazore punohen shumë fusha të mëdha nga aspekti i sigurisë së ushqimit, siç janë:
- Ndjekja dhe analizimi i legjislativit të ri në pjesën e sigurisë së ushqimit në Bashkimin Europian, planifikimi dhe përgatitja e legjislativit të ri në pjesën e sigurisë së ushqimit në Republikën e Maqedonisë së Veriut, me qëllim harmonizimi i legjislativit të BE-së, planifikimi dhe përgatitja e rregullave nacionale për fushën e sigurisë së ushqimit, e që janë në interes të Republikës së Maqedonisë së Veriut;
- Planifikimi, zbatimi, analizimi dhe vlerësimi i programit të monitoringut për sigurinë e ushqimit që është i prodhuar në RM dhe që është i lëshuar dhe mund të gjendet në tregun e RM-së;
- Aktivitetet në raport me lejet për suplementet ushqimore për lëshimin e tyre në qarkullim në RM, lloji i ushqimit me konsumim të veçantë ushqyes, përdorimi (ushqim qumështi për foshnjat, ushqim për foshnjat dhe fëmijët e vegjël në bazë të drithërave, ushqim për njerëzit me çrregullime të karbohidrateve në metabolizmin ose çrregullime të tjera metabolike, ushqim për qëllime speciale mjekësore, ushqim për sportistët), ushqim i pasuruar etj;
- Aktivitetet në lidhje me miratimet për lëshimin në treg në RM të materialeve dhe sendeve që vijnë në kontakt me ushqimin;
- Aktivitetet rreth miratimit të vërtetimeve shëndetësore që përdoren për qëllime komerciale gjatë shenjimit, prezantimit dhe reklamimit të ushqimit;
- Kontrolli dhe ndjekja e aditivëve që përdoren në prodhimin e ushqimit në RM;
- Aktivitetet në lidhje me vërtetimet ushqyese dhe shëndetësore që përdoren për qëllime komerciale gjatë shenjimit, prezantimit dhe reklamimit të produkteve ushqimore në kuptim të informimit të rregullt dhe të vërtet për përbërësit e produktit dhe efektet e tyre ushqyese ose veprimi i përbërësve në shëndetin e njerëzve, me qëllim që të mbrohen konsumatorët nga mashtrimi;
- Zbatimi i aktiviteteve për implementimin e rregullave të reja për shenjimin, prezantimin dhe reklamimin e produkteve ushqimore në kuptim të informimit të vërtet të konsumatorit për produktin.
Mbështetja e operatorëve të ushqimit:
Vazhdimisht jepen këshilla profesionale Operatorëve të ushqimit u jepen vazhdimisht këshilla profesionale për procedurën e dhënies së mendimeve për harmonizimin e produktit të grupit të llojit të veçantë ushqimor dhe për përdorimin e aditivëve në ushqim. Konsultimet bëhen nëpërmjet telefonit, shkresave ose mbajtjes së mbledhjeve me palët e interesuara.
Në sektor, të gjitha aktivitetet janë të shpërndara në tri njësi dhe çdo njësi ka përgatitur plan dhe program për punën e vitit të ardhshëm veç e veç.
Sektori i ushqimit me prejardhje joshtazore, në aspekt organizativ është i përbërë prej tri njësive:
- Njësia e sigurisë së ushqimit me prejardhje joshtazore
- Njësia e suplementeve ushqimore, ushqimit për përdorimin e veçantë ushqyes, ushqimit të pasuruar dhe aditivëve
- Njësia e produktit dhe e materialeve që vijnë në kontakt me ushqimin.