Komisioni i vendimmarrës ndaj kundërvajtjeve vendos sipas kundërvajtjeve të Ligjit të Sigurisë së Ushqimit, Ligjit të Shëndetësisë Veterinare (“Gazeta Zyrtare e Republikës së Maqedonisë” nr. 113/2007, 24/2011, 136/2011, 123/2012, 123/15, 154/15, 53/2016), Ligjit të Sigurisë së Ushqimit për Kafshët (“Gazeta Zyrtare e Republikës së Maqedonisë” nr. 145/2010, 53/2011, 1/2012, 33/2015, 149/2015 dhe 53/2016 ), Ligjit të Mirëqenies dhe të Mbrojtjes së Kafshëve (“Gazeta Zyrtare e Republikës së Maqedonisë” nr. 149/2014 dhe 149/2015), Ligjit të Identifikimit dhe të Regjistrimit të kafshëve (“Gazeta Zyrtare e Republikës së Maqedonisë” nr. 95/12, 27/14 dhe 149/15) dhe ligjeve të tjera të fushës së veterinës.

Komisionin e formon drejtori i Agjencisë së Ushqimit dhe të Veterinarisë, ndërsa përbëhet nga zyrtarë të punësuar në Agjenci nga të cilët, një është kryetar i Komisionit, zëvendësuesit e tyre dhe administratori i komisionit. Gjatë udhëheqjes së procedurës kundërvajtëse, Komisioni i zbaton në mënyrë përkatëse dispozitat e Ligjit të Kundërvajtjeve. Komisioni është i mëvetësishëm dhe i pavarur me punën e tij dhe vendos në përputhje me ligjin, sipas bindjes së lirë, duke përdorur diturinë e tij profesionale.