Sektori i BE-së dhe i bashkëpunimit ndërkombëtar (SBEBN) është kompetent për koordinimin dhe drejtimin e procesit të integrimeve në BE në fushën e Kapitullit 12 – sigurimi i ushqimit, politika veterinare dhe fitosanitare, si dhe për zhvillimin dhe bashkimin e politikave që lidhen me procesin e harmonizimit të legjislacionit kombëtar me atë të Bashkimit Europian, përgatitjen e raporteve të përparimit në eurointegrimet në fushën e Kapitullit 12, përgatitjen e aktiviteteve për bisedimet me BE-në.
Në përputhje me nenin 119 të Ligjit të Sigurisë së Ushqimit, Agjencia e Ushqimit dhe e Veterinarisë, nëpërmjet Sektorit të BE-së dhe të bashkëpunimit ndërkombëtar ka kompetencë për koordinimin e legjislacionit dhe të sistemeve kontrolluese për çështjet e fushës së sigurisë së ushqimit dhe të ushqimit për kafshët ndër institucionet kompetente në Republikën e Maqedonisë së Veriut të përfshira në Kapitullin 12, si dhe për komunikimin me institucionet e Bashkimit Europian të fushës së ushqimit, ushqimit për kafshët, politikës veterinare dhe fitosanitare.
Gjithashtu, Sektori i BE-së dhe i bashkëpunimit ndërkombëtar në kuadër të kompetencave të tij, është përgjegjëse për organizim dhe drejtimin e aktiviteteve që lidhen me menaxhimin e projekteve, bashkëpunim me organizatat dhe trupat ndërkombëtare, koordinimin e ndihmës së huaj në procesin e bashkëpunimit ndërkombëtar dhe dypalëshe.