Sektori i mbrojtjes shëndetësore dhe i mirëqenies së kafshëve e koordinon punën e Njësisë së mbrojtjes shëndetësore të kafshëve, Njësisë së mirëqenies së kafshëve, Njësisë së identifikimit dhe të regjistrimit të kafshëve dhe Njësisë së planeve për masat urgjente; merr pjesë në hartimin e  ligjeve dhe të akteve nënligjore, programeve dhe akteve të tjera të fushës së veterinës; përgatit analiza, informata për gjendjen e mbrojtjes shëndetësore të kafshëve; organizon dhe realizon bashkëpunime me organet dhe sektorët e tjerë kompetentë.