Одделението за проценка на ризик врз основа на базата на податоци од земените мостри прави проценка на ризик за поодделни видови на храна или причинители како и изработува едукативни лифлети со информации за потрошувачите за поодделни видови на храна и лоцирани ризици како и информации и упатства за инспекторите.

Одделение за храна произведена со иновирани технологии, храна третирана со јонизирачко зрачење и други видови храна

Одделението за храна произведена со иновирани технологии, храна третирана со јонизирачко зрачење и други видови храна во рамки на Секторот за нови прехранбени технологии е организирано со цел да врши одобрување на храна или состојки на храна произведени со иновирани технологии, храна третирана со јонизирачко зрачење, природни минерални води, изворски води и пакувани води кои за прв пат се ставаат на пазарот на Република Северна Македонија, а кои поради своите специфи

Одделението за генетски модифицирана храна во рамки на Секторот за нови прехранбени технологии е надлежно за подготовка на легислатива и мониторинг планови за контрола на храната која содржи или е составена од генетски модифицирани организми.

Согласно организацијата и систематизација на надлежностите, ова одделение е задолжено за континуирано следење на европската легислатива за ГМО храната и предлагање соодветни измени во националната легислатива согласно Законот за безбедност на храната.

Стратешкото планирањее процес што се спроведува во среднорочна тригодишна рамка, што значи дека институцијата подготвува план во кој се одразени приоритетите, целите и програмите во функција на остварување на стратешките приоритети на Владата на Република Северна Македонијаи утврдува потребните средства за реализација на приоритетите преку буџетскиот процес за наредните три години. Едноставно речено,стратешкото планирање претставува стратешки, плански и дисциплиниран процес за донесување на темелни одлуки.

Одделението за заштита на потрошувачи е воспоставено во системот за безбедност на храна во 2007 година, со цел унапредување на политиката за заштита на потрошувачите во областа на храната и зголемување на довербата на граѓаните во овој систем. Од тогаш ова одделение станува и дел од системот за заштита на потрошувачи во државата.

Лабораториските испитувања претставуваат важен дел од контролните системи на Агенцијата за храна и ветеринарство. Анализите се користат како доказ за исполнување на операторот/објектот на барањата во согласност со законите и прописите за безбедност на храната. Резултатите од лабораториските испитувања се исто така објективна основа за активностите на надлежниот орган преземени за да се обезбеди високо ниво на здравјето на животните и здравјето на луѓето во Република Северна Македонија.