Секторот за ЕУ и меѓународна соработка (СЕУМС) е надлежен за координирање и раководење на процесот на ЕУ интеграции во областа на Поглавјето 12 - безбедност на храната, ветеринарната и фитосанитарната политика, како и за развивање и обединување на политиките поврзани со процесот на усогласувањето на националното законодавство кон законодавството на Европската унија, подготвка на извештаи за напредокот во евроинтеграциите во областа на Поглавјето 12, подготовка на активности за преговорите со ЕУ.
Согласно член 119 од Законот за безбедност на храната, Агенцијата за храна и ветеринарство, преку Секторот за ЕУ и меѓународна соработка има надлежност за координација на законодавството и контролните системи за прашањата од областа на безбедност на храната и храната за животни меѓу надлежните институции во Република Северна Македонија вклучени во Поглавјето 12, како и за комуникација со институциите на Европската унија од областа на безбедност на храната, храната за животни, ветеринарната и фитосанитарната политика.
Дополнително, Секторот за ЕУ и меѓународна соработка, во рамките на своите надлежности, е одговорен за организирање и раководење на активностите поврзани со управување на проекти, соработка со меѓународни организации и тела, координација на странска помош во процесот на меѓународната и билатералната соработка.