Секторот за здравствена заштита и благосостојба на животните го координира работењето на Одделението за здравствена заштита на животните, Одделението за благосостојба на животните, Одделението за идентификација и регистрација на животните и Одделението за планови за итни мерки и учествува во изготвување на закони и подзаконски акти, програми и други акти од областа на ветеринарството, подготвува анализи, информации за состојбата со здравствената заштита на животните, организира и остварува соработки со други надлежни органи и сектори.
1.1 Одделението за здравствена заштита на животните, ги врши следните работи:
- ја следи состојбата со болестите кај животните во Република Северна Македонија;
- подготвува програми за контрола/ерадикација на болести кај животните;
- подготвува извештаи за здравствената состојба кај животите;
- го одржува Националниот епизоотиолошки информативен систем и другите бази на податоци за здравствена заштита на животните;
- ја следи состојбата со заразни болести во светот;
- изработува законски и подзаконски акти од областа на здравствената заштитана животните;
- врши проверка на фактурите доставени од ветеринарните друштва кои ги спроведуваат програмите и мерките за здравствена заштита на животните;
- води евиденција и регистар на ветеринарни друштва;
- комуницира со меѓународните организации од областа на здравствената заштита (ОИЕ, ФАО, Европскиот парламент во Стразбур, итн).
1.2 Одделението за благосостојба на животните, ги врши следните работи:
- ја следи состојбата со благосостојбата кај животните во Република Северна Македонија;
- подготвува планови за унапредување на благосостојбата на животните;
- подготвува извештаи за благосостојбата кај животите;
- подготвува подзаконски акти во врска со благостостојбата кај животните;
- учествува во подготовка на законски и подзаконски акти од областа наблагосостојбата на животните;
- врши проверка на фактурите за извршени активности во врска со благосостојбата на животните;
- комуницира со меѓународните организации во врска со благостостојба на животните (ОИЕ, ФАО, Европскиот парламент во Стразбур, итн).
1.3 Одделението за идентификација и регистрација на животните, ги врши следниве работи:
- идентификација и регистрација на животните;
- регистрација на одгледувалиштата на животни и редовно ажурирање на податоците од Централниот регистар на одгледувалишта;
- изготвува планови за унапредување на системот за идентификација и регистрација на животните;
- врши контрола на работата на кланиците во делот за ИиР, дава помош и консултации воврска со нивните задолженија и задачи;
- ја следи работата на добиточните пазари во делот за ИиР, дава консултации и техничка помош;
- дава логистичка поддршка, техничка помош и обука на ветеринарните станици, кланиците, одгледувачите и другите засегнати страни;
- подготовува и издава индивидуални документи за движење на животните и контрола на нивната испорака;
- врши администрирање на централната база на податоци, контрола на целата база на податоци за непречено одвивање на процесот на внесување на податоците во базата;
- организира надзор на спроведувањето на контролата на одгледувалиштатана животни во однос на ИиР на територијата на Република Северна Македонија.
1.4 Одделението за планови за итни мерки, ги врши следните работи:
- ја следи состојбата со особено опасните заразни болести кај животните во Република Северна Македонија;
- подготвува планови за итни мерки, оперативни постапки, работни насоки и инструкции, обрасци, контролни листи, информативни материјали за подигање на јавната свест и материјали за јакнење на капацитетите на АХВ за особено опасни заразни болести кај животните;
- учествува во подигање на јавната свест за болести кои се особено опасни по здравјето на животните;
- одржува целосна подготвеност за спроведување на плановите за итни мерки и оперативните прирачници;
- планира, организира и спроведува симулациони вежби;
- комуницира со релевантните институции во Република Северна Македонија во насока на сузбивање и искоренување на особеном опасни болести кај животните;
- комуницира со меѓународните организации од областа на здравствената заштита;
- следење на состојбата со набавка и дистрибуција на опрема потребна за сузбивање и искоренување на особено опасните болести кај животните.