Секторот за стручна подршка е оперативен хоризонтален сервис на Агенцијата кој обезбедува професионална и специјализирана поддршка на секторите од Агенцијата и Агенцијата во целост. Секторот е одговорен за следење, импелментирање и управување со системите за квалитет во Агенцијата, координација и контрола на лабораториите кои се под надлежност на Агенцијата, активостите на заштита на потрошувачи, стратешкото и оперативно планирање, следење на спроведувањето на стратешките приоритети на Агенцијата и следење на спроведувањето на годишниот план на работа на Агенцијата, анализа и евалуација на политиките на Агенцијата и координација помеѓу поедини сектори и надворешни институции.
- Одделение за управување на систем за квалитет
- Одделение за контрола и координација на лаборатории
- Одделение за заштита на потрошувачи
- Одделение за стратешко планирање