Комисијата за одлучување по прекршок одлучува по прекршоците по Законот за безбедност на храна, Законот за ветеринарно здравство („Службен весник на Република Македонија” бр. 113/2007, 24/2011, 136/2011, 123/2012, 123/15, 154/15, 53/2016), Законот за безбедност на храна за животни („Службен весник на Република Македонија” бр. 145/2010, 53/2011, 1/2012, 33/2015, 149/2015 и 53/2016 ), Законот за благосостојба и заштита на животните („Службен весник на Република Македонија” бр. 149/2014 и 149/2015), Законот за идентификација и регистрација на животните („Службен весник на Република Македонија” бр. 95/12, 27/14 и 149/15) и други закони од областа на ветеринарството.

Комисијата е формирана од страна на директорот на Агенцијата за храна и ветеринарство, а е составена од овластени службени лица вработени во Агенцијата, од кои едно лице е претседател на Комисијата, нивни заменици и администратор на комисијата. Комисијата при водењето на прекршочната постапка соодветно ги применува одредбите од Законот за прекршоци, Комисијата е самостојна и независна во своето работење и одлучува врз основа на закон, по слободно убедување, користејќи го своето стручно знаење.