Одделението за внатрешна контрола и аудит:

• го организира и спроведува вршењето на внатрешната контрола врз работата на државните службеници во АХВ по наредба од директорот или одредени информаци и индикации и го информира директорот за секој наод  од извршената внатрешна контрола;
• го информира директорот на Агенцијата за секоја добиена пријава за неправилност  или друг вид на информација каде се појавува сомнеж за нерегуларности или измами кои можат да резултират со  прекршочна или дициплинска постапка;
• реагира по однос на пријави за неправилности за работата на државните службеници во АХВ,ја утврдува фактичката состојба по поднесената пријава, донесува заклучоци по однос на истата и го информира Директорот;
• организира и спроведува внатрешен аудит на програмирање и спроведување на официјалните контроли;
• се грижи да се обезбеди дека активностите и резултатите на организационите единици во АХВ соодветствуват со планираните цели;
• ги планира аудит активностите врз основа на Годишна Програма и План;
• ги открива и идентификува системските проблеми и недоследности во програмирањето и спроведувањето на официјалните контроли  и подготвува извештај до директорот на Агенцијата за спроведените аудити;
• одредува неопходни  корективни  и превентивни мерки;
• ги бира и организира активностите на членовите на тимот за внатрешен аудит;