Одделение за државна ветеринарна инспекција на граничен преминја организира ветеринарната контрола на граничните премини која произлегува од материјалните закони, препораките добиени од Светската организациjа за заштита на здравјето на животните (OIE), Кодекс алиментариус, Европската агенција за безбедност на храна (ЕФСА), меѓународните билатерални договори за соработка во областа на ветеринарството и меѓународните конвенции за контрола на стоки на границите.

Одделението е составено од вработени на централно ниво и официјални ветеринари на граничните премини кои се распоредени на вкупно 10 гранични инспекциски места во Република Северна Македонија. Одделението изработува и спроведува планови за работа, врши евиденција на планираните и извршените инспекциски надзори, сумира извештаи за спроведените инспекциски контроли на граничните премини, како други извештаи поврзани со работата на Одделението,подготвува нацрт законски и подзаконски акти, заштитни мерки за заштита на здравјето на луѓето и животните при увозот, учествува во работата на работни тела, издава дозволи за увоз, пропишува услови за увоз на живи животни и производи од животинско потекло, врши стручни анализи напрашања кои се од значење за примената на законодавството од областа на ветеринарната гранична контрола.

Официјалните ветеринари на граничните премини вршат инспекциски надзор, спроведува гранични ветеринарни контроли на увозните и транзитните пратки на животни, производи и нуспроизводи од животинско потекло, врши службен преглед и контрола на пратки на животни, производи, суровини и отпадоци од животинско потекло, храна и храна за животни, семе за вештачко осеменување, оплодени јајниклетки, ембриони и други предмети со кои може да се пренесува заразна болест, лекови, помошни лековити средства и медицински помагала за употреба во ветеринарната медицина при увозот, извозот и превозот (транзитот) преку границата и гранични премини.

Агенцијата за храна и ветеринарство преку Одделението за државна ветеринарна инспекција на граничен премин соработува со Царинската Управа, Министерството за внатрешни работи, земјоделскиот инспекторат, како и други институции присутни на граничните премини.Агенцијата за храна и ветеринарство преку Одделението за државна ветеринарна инспекција на граничен премин е дел од Интегрираното гранично управување, во чии рамки превзема организирани и координирани мерки посебно со царинските служби и граничната полиција како и сите други јавни служби присутни на граничните премини во надзорот на законитоста на влезот и излезот на стоки и превозни средства, спречувањето и откривањето на сите видови на шверц преку граничните премини, контрола и спречувањето на преносот на материи и заразни болести што ги загрозуваат луѓето и стоките.