Во рамки на Секторот за безбедност на храна од неживотинско потекло се вршат голем број на активности, нормативни работи и управно правни работи кои се во функција на извршување на надлежноста на Агенцијата, креирање на политика за храна од неживотинско потекло, одобрување на одделни производи кои спаѓаат во категориите храна кои пред да се пласираат на пазарот мора да се одобрат, контрола и одобрување на одделни видови храна заради нивната специфичност и дејство врз здравјето на луѓето. Во секторот се врши  контрола и одобрување на производите и материјалите што доаѓаат во контакт со храната, се превземаат и  активности кои се однесуваат на постапката на одобрување на здравствените тврдења кои се користат во комерцијални  цели при означување, презентација и рекламирање на храната. Истовремено во секторот се врши подготвување, спроведување  и следење на спроведувањето на мониторинг програмата за безбедност на храната, анализа и евалуација на истата. Во секторот се врши контрола на храната, производите и материјалите што доаѓаат во контакт со храната,  преку следење на спроведувањето на прописите од областа на храната и непосредно учествува во  управувањето со ризикот од храната.
Основен правен акт по кој се одвиваат работите во Секторот за храна од неживотинско потекло е Законот за безбедност на храна (Службен весник на Република Северна Македонија бр. 157/2010, 53/2011, 1/2012, 164/2013, 187/2013, да го превземете тука

Во Секторот за храна од неживотинско потекло се работат повеќе големи области од аспект на безбедноста на храната и тоа:

• Следење и анализа на новата легислатива во делот на безбедноста на храната во Европската унија, планирање и подготовка на нова легислатива во делот на безбедноста на храната во Република Северна Македонија со цел хармонизација со ЕУ легислативата и планирање и подготовка на национални прописи областа на безбедноста на храната кои се од интерес на Република Северна Македонија.
• Планирање,  спроведување, анализа и евалуација на мониторинг програмата за безбедност на храната која е произведена во РМ и која е пуштена и може да се најде  на пазарот во РМ.
• Активности во однос на одобрувања за ставањето во промет во РМ на додатоци во исхраната, видови храна со посебна нутритивна употреба (млечна храна за доенчиња, храна за доенчиња и мали деца на житна основа, храна за луѓе со пореметувања  во метаболизмот на јаглени хидрати или други метаболички пореметувања, храна за специјални медицински намени, храна за спортисти),  збогатена храна и др.
• Активности во однос на одобрувања за ставањето во промет во РМ на материјали и предмети кои доаѓаат во контакт со храната.
• Активностите околу одобрување на здравствените тврдења кои се користат во комерцијални цели при означување, презентирање и рекламирање на храната.
• Контрола и следење на адитивите кои се користат во производството на храна во РМ.
• Активности во однос на нутритивните и здравствени тврдења кои се користат во комерцијални цели при означувањето, презентирањето и рекламирањето  на прехранбените производи во смисла на правилно  и вистинито информирање за состојките на  производот и нивните нутритивни ефекти или односот на состојките со здравјето на луѓето се со цел заштита на потрошувачот од заблуда.
• Спроведување на активности за имплементација на новите правила за означување, презентирање и рекламирање на прехранбените производи во смисла на правилно информирање на потрошувачот за производот. 
•  

Поддршка на операторите со храна:

Континуирано се даваат стручни консултации на операторите со храна во однос на постапката на издавање мислење за усогласеност на производ од групата посебни видови храна и во однос на употребата на адитивите во храна. Консултациите се спроведуваат телефонски, со дописи и преку одржување на состаноци со заинтересираните страни.

Во секторот сите активности  се распределени во трите одделенија  и секое одделение има подготвено план и програма за работа за наредната година поединечно.