Одделението за ЕУ легислатива и европска интеграција е надлежно за спроведување на активностите поврзани со процесот за приближување на Република Северна Македонија кон Европската унија за областите во надлежност на Агенцијата за храна и ветеринарство. Подготовката на НПАА, координацијата и мониторингот на усогласувањето на националното законодавство со EU acquis како и проценката на степенот на усогласеност се исто така дел од надлежностите на Одделението за ЕУ легислатива и европска интеграција.

Во рамките на надлежностите на Одделението за ЕУ легислатива и европска интеграција, се спроведуваат следниве активности:

• следење и анализа на правото на Европската унија, како и за давање предлози за донесување закони и други прописи и општи акти врз основа на што го организира, координира и имплементира процесот на хармонизација на националното законодавство со правото на ЕУ во областа на безбедноста на храната и ветеринарната политика;
• организирање, координација и спроведување на процесот на усогласување на националното законодавство со правото на ЕУ во областа на безбедноста на храната и ветеринарната политика;
• координирање и подготовка и следење на степенот на усогласеност на законодавството од надлежност на Агенцијата за храна и ветеринарство со релевантното законодавство на Европската унија;
• редовно ажурирање на архива на процесот на усогласување на националните правни акти со правото на ЕУ, координација, мониторинг и евалуација на активностите за изготвување на национални правни акти согласно ЕУ правото;
• подготвува и учествува во ЕУ скрининг процесот, дава поддршка во насока на преговорите;
• учествува во подготвувањето на извештаите за ЕУ, како и во процесот на преговори со ЕУ;
• спроведува активности од областа на поддршка на процесот на ЕУ интеграција и преговори за пристапување, планирање, координација на реализација и мониторинг на НПАА, имплементација на Спогодбата на стабилизација и асоцијација (ССА) меѓу Република Северна Македонија и Европската унија, поддршка на работата на телата во рамките на ССА, оддржување на електронска библиотека на документи и акти поврзани со НПАА, одржување на НПАА колаборативна околина односно веб-страна и пристап, утврдување на надлежности за ЕУ мерки, утврдување на потреби на превод и ревизија на ЕУ акти како и непосредно учество при подготовка на извештај за напредокот на НПАА;
• ги имплементира процедурите на Европско Партнерство на Република Северна Македонија, ги собира неопходните информации, подготвува материјали и учествува на состаноците на Поткомитетот за земјоделство и рибарство согласно Спогодбата за стабилизација и асоцијација.