Доколку Агенцијата утврди сериозни недостатоци или операторот со храна повеќе пати го прекинал производството или одобрената активност на еден објект, а операторот со храна не може да обезбеди гаранции за натамошно производство, Агенцијата започнува постапка за бришење на регистрацијата или укинување на одобрението. Во случај на промет на големо, Агенцијата може да го укине одобрението во однос на одредени единици или групи на единици.

Агенцијата ја брише регистрацијата или го укинува одобрението на еден објект, за една или повеќе од неговите дејности, доколку:
1) објектот прекине една или повеќе од неговите активности;
2) се покажало дека објектот не ги исполнува условите потребни за неговите дејности за период од една година, по временото бришење на регистрацијата или повлекување на одобрението и
3) утврдил сериозни недостатоци или морал да го запре производството или активноста во објектот повторно, а операторот со храна сé уште не е во состојба да обезбеди соодветни гаранции во однос на идното производство или активност.

Операторот со храна е должен да обезбеди дека објектот ќе престане да работи доколку Агенцијата го избришала објектот од регистарот или го укинала одобрението за вршење дејност.