Секторот за здравствена заштита и благосостојба на животните го координира работењето на Одделението за здравствена заштита на животните, Одделението за благосостојба на животните, Одделението за идентификација и регистрација на животните и Одделението за планови за итни мерки и учествува во изготвување на закони и подзаконски акти, програми и други акти од областа на ветеринарството, подготвува анализи, информации за состојбата со здравствената заштита на животните, организира и остварува соработки со други надлежни органи и сектори.