Агенцијата за храна и ветеринарство презема активности за унапредување на системот за навремена идентификација и одговор на појавата на зоонози, зоонотски агенси и изворите на инфекции и за воспоставување на систем за побрз проток на информации за нив, меѓу институциите на системот и бизнис секторот. Потребата за унапредување на системот се наметна како нужност поради појавата на нови патогени микроорганизми, кои се во групата на зоонози (акутен респираторен синдром - САРС, кој се шири од Азија) и инфекцијата со вируси на треска на Западен Нил (во САД), кои предизвикаа појава на нови форми на епидемии, како и стекнувањето на нови патогени карактеристики на веќе познати и присутни бактерии како што се веротоксична Ешерихиа Коли (VTEC) кои можат да предизвикаат сериозни заболувања. Овде се вбројуваат и мултирезистентни патогени микроорганизми на антибиотици како што се стафилокок ауреус (MRSA) отпорен на метицилин - (МРСА).
Надградениот систем за контрола и превентива на зоонози, ќе се темели на обезбедување на следење и рано откривање на зоонози и алиментарни инфекции и интоксикации и соодветно поставување при нивна контрола, превентива, а во одредени случаи и нивна ерадикација. Во рамки на координирана соработка меѓу хуманите и ветеринарните здравствени власти, активно сега се работи и на креирање на единствен регистер на сите изолирани соеви на патогени од хуманата популација, животните и надворешната средина, со цел навремено и брзо детерминирање на корелацијата меѓу заболувањата кај луѓето, појавата на зоонотските агенси во храната и /или другите извори на инфекција.
Се подготвуваат програми за мониторинг на релевантните зоонози и зоонотски агенси, програми за контрола и ерадикација и планови за итни мерки во случај на нивна појава, согласно европските директиви од оваа област. Благодарение на сеопфатната национална легислатива, која е во најголем дел усогласена со легислативата на ЕУ, голем број на зоонози кои порано биле ендемски (туберкулоза, бруцелоза, беснило, антракс), сега се искоренети или се сведени на минимум.
Преку воспоставениот систем на официјални контроли - од нива до трпеза, контролите во текот на одгледувањето на животните, контролите кои се спроведуваат во објектите за производство и обработка, транспортот и подготовката на храна, Агенцијата обезбедува највисок степен на заштита на здравјето на граѓаните согласно европските критериуми за безбедност на храната. Во насока на превентивно спречување на појавата на зоонози кај луѓето, АХВ континуирано ја следи појавата и ширењето на зоонозни заболувања кај животните, преку креирање и спроведување на соодветни програми за мониторинг и надзор кои се усогласени со европските програми. На ваков начин се обезбедува ажурирана слика за појавата и ширењето на важните зоонотски заболувања, чија примарна цел е раното откривање. Резултатите од овие програми за мониторингот и надзор се важен предуслов да се овозможи контролните мерки да се спроведат на таргетиран и ефикасен начин.
Како заразни болести кои се пренесуваат меѓу животните и луѓето, зоонозите и алиментарните инфекции и интоксикации преставуваат значителна опасност за здравјето на луѓето и оптоварување на здравствениот систем. Агенцијата за храна и ветеринарство како правен наследник на поранешната Управа за ветеринарство, има долга историја во контролата на заразните болести кај животните кои претставуваат зоонозен потенцијал како што се Бруцелозата или Туберкулозата.
Во последно време, активностите на науката и на државните институции насочени се кон зоонотските агенси како што се Campylobacter и Salmonella, кои главно се пренесуваат со консумирање на контаминирана храна од непознат извор, или од храна која е несоодветно чувана. Контролата на овие патогени е особено тешка, бидејќи тие можат да ги заразат животните без да предизвикаат болести. Животните кои се користат во производството на храна можат да содржат голем број патогени без да се разболат. Доколку храната не се подготви соодветно, а суровините потекуваат од овие животни може да се разболат и луѓето.