Агенцијата за храна и ветеринарство доби позитивни оценки од страна на сертификациското тело MQS за документираниот Систем за квалитет, согласно барањата на стандардот за квалитет ISO 9001:2015, по спроведената прва редовна проверка, откако лани Агенцијата стана прва државна институција сертифифицирана согласно барањата на стандардот за квалитет. На 26 февруари, 2019 година во Агенцијата за храна и ветеринарство од страна на аудитори на надворешното сертификациско тело MQS, партнер на Quality Austria беа проверувани реализацијата на услуги по сектори и одделенија, процесот на лидерство и посветеност на врвното раководство, контекстот на агенцијата, документираните информации, процесите на следење, мерење, анализа и евалуација, како и континуирано подобрување на Агенцијата.

Во текот на проверката, врвното раководство, претставниците на тимот за одржување на Системот за менаџмент со квалитет и носителите на процеси дадоа детален приказ на реализирање на специфичните процеси преку влезни и излезни елементи и со идентификување и евалуирање на оперативни ризици во процесите. Од страна на Сертификациското тело беше изразено огромно задоволство во поглед на целокупното одржување и документирање на системот, како и за посветеноста на врвното раководство за одржување и континуирано подобрување на системот. Беше истакнато дека системот постојано се подобрува од година во година преку следење на сите препораки дадени во текот на проверките во изминатите години, по што аудиторите најавија дека ќе дадат предлог до Quality Austria за продолжување на користењето на сертификатот за квалитет на АХВ.

Агенција за храна и ветеринарство во 2014 година го имплементира стандардот за управување со квалитет ISO 9001:2008, а по објавувањето на новата верзија на стандардот во глобални рамки во 2015 година, Агенцијата стана и прва државна институција во Република Северна Македонија која во 2018 година се усогласи и со барањата на новата верзија на стандардот за квалитет ISO 9001:2015.