Мониторингот на квалитетот на храната од животинско потекло се врши заради утврдување на степенот на исполнување на барањата за квалитет на храната од животинско потекло како и согласност со декларацијата на самиот производутврдена од страна на операторите со храна од животинско потекло. 

Мониторингот се врши во сите фази на ланецот на производство и промет на хранатавклучувајќи ја и храната од увоз.

Мониторингот од страна на Агенцијата за храна и ветеринарство се спроведува при вршењето на официјалните контроли на квалитетот на храната од животинско потекло, при што се земат мостри од објектите за преработка на храната одживотинско потекло и/или од малопродажба, за лабораториско испитување на:

1. млеко и производи од млеко,
2. месо, мелено месо и производи од месо, 
3. мед.

Законодавство:

Закон за квалитетот на земјоделските производи (Сл. весник на РМ бр. 140/2010, 53/2011, 22/2012, 106/2013, 116/2015, 149/2015, 193/2015);

• Правилник за барања за квалитетот на суровото млеко, стандардите за квалитет на конзумното млеко, млечните производи и употребата на нивните називи, квалитетот и активноста на стартер културите, сирилата и други специфични материи и начинот на нивна употреба, начинот на дополнително означување на млекото и млечните производи како и дозволеното отстапување на тежината во однос на декларираната („Службен весник на Република Северна Македонија“ бр. 96/2011).,
• Правилникот за барањата во однос на квалитетот на мелено месо, подготовки од месо и производи од месо („Службен весник на Република Северна Македонија“ бр. 63/2013).,
• Правилникот за стандардите и начинот на одредување на квалитетот и начинот на пакување и означување на производите од пчели по однос на квалитетот („Службен весник на Република Северна Македонија“ бр. 68/2011),- 
• Правилник за информации поврзани со храната („Службен весник на Република Северна Македонија“ бр. 150/2015),
• Годишна наредба за извршување на ветеринарните мерки и контроли за заштита на јавното здравство од контаминенти или резидуи кои се пренесуваат од животни или производи од животинско потекло.