Одделението за управување на систем на квалитет функционира во рамките на Секторот за стрчна поддршка во АХВ. Основната улога на одделението е имплементирање, одржување и континуирано подобрување на системите за квалитет во агенцијата. АХВ за прв пат беше сертифицирана во 2014 година согласно барањата на стандардот ISO 9001:2008, а во 2018 година следеше и процес на ресертификација на системот за менаџмент со квалитет согласно новите барања во стандардот ISO 9001:2015 со цел континуирано подобрување и поефективно  и поефикасно извршување на работните процеси.

Одделението во рамките на своите надлежности дава стручно техничка поддршка и соработува со сите организациски единици во АХВ преку дефинирање на цели за квалитет, активности на ревидирање на документацијата согласно барањата на стандардот, интерни проверки, изготвување на извештаи од интерни проверки, утврдување на неусогласености, дефинирање корективни мерки, дефинирање и евалуација на ризици, анализа на задоволството на корисниците на услугите на АХВ, преиспитување на контекстот на организацијата, спроведување на процес на преиспитување на врвното раководство, како и спроведување на редовна и ресертификациска проверка на системот за менаџмент со квалитет со учество на надворешно сертификациско тело.

Одделението ги следи сите новини и достигнувања во областа на системите за квалитет.