Sektori i mbështetjes profesionale është shërbim operativ horizontal i Agjencisë i cili siguron mbështetje profesionale dhe të specializuar për sektorët e Agjencisë dhe Agjencisë në tërësi.  Sektori është përgjegjës për ndjekjen, zbatimin dhe menaxhimin e sistemeve të cilësisë në Agjenci; koordinimin dhe kontrollin e laboratorëve që janë në kompetencë të Agjencisë; aktivitetet për mbrojtjen e konsumatorëve; planifikimin strategjik dhe operativ; ndjekjen e zbatimit të përparësive strategjike të Agjencisë dhe ndjekjen e zbatimit të planit vjetor të punës së Agjencisë; analizimin dhe vlerësimin e politikave të Agjencisë dhe koordinimin ndërmjet sektorëve të veçantë dhe të institucioneve të jashtme.

• Njësia e menaxhimit të sistemeve të cilësisë
• Njësia e koordinimin dhe e kontrollit të laboratorëve
• Njësia e mbrojtjes së konsumatorëve
• Njësia e planifikimit strategjik