Основна цел на одделението е постигнување на висок степен на здравствена заштита на животните и на луѓето од заразни болести, постигнување на висок степен на благосостојба и заштита на домашните животни и домашните миленици при нивното одгледување и економско искористување, надзор на болести кај животните и спроведување на ветеринарните контроли за време на чување, производство и трговија со живи животни, контрола на сообразноста на начелата за ветеринарно здравство во центрите за репродукција и вештачко оплодување, одгледувалишта на животни, земање примероци и контрола на земањето примероци за лабораториско испитување, известување за појава на заразни болести кај животните, одржување на систем на спремност за контрола, надзор, сузбивање и искоренување на особено опасни заразни болести и ажурирање на податоци во регистарот на објектите за вршење на ветеринарно здравствена дејност во Република Северна Македонија.
За таа цел Одделението планира, организира и спроведува официјални контроли на одгледувалишта за говеда, овци и кози и пчели, контроли на одгледувалишта за свињи, кокошки несилки и бројлери, контрола на рибници во однос на регистрација и одобрување, се со цел утврдување на исполнетоста на одредбите согласно Законот за ветеринарно здравство (Службен Весник на Република Северна Македонија бр. 113/2007, 24/2011, 136/2011, 123/2012, 123/2015, 154/2015, 53/2016), Закон за идентификација и регистрација на животните (Службен Весник на Република Северна Македонија бр. 95/2012, 27/2014, 149/2015, 53/2016), Закон за заштита и благосостојба на животните (Службен Весник на Република Северна Македонија бр. 113/2007, 136/2011, 149/2014, 149/2015, 53/2016), Законот за инспекциски надзор (Службен весник на Република Северна Македонија бр. 50/10, 162/2010, 157/2011, 147/2013, 41/2014, 33/2015, 193/2015, 53/2016, 11/2018), Закон за безбедност на храната (Службен Весник на Република Северна Македонија бр. 157/10, 53/11, 01/12, 164/13, 187/13, 43/14, 72/15, 129/15, 213/15), Годишната наредба за здравствена заштита на животнитe, повеќегодишните програми за сузбивање и искоренување на одредени заразни болести и мониторинг програмите за следење и превенирање на одредени заразни болести кај животните.
Официјалните ветеринари вршат редовни, контролни и вонредни надзори и контролите ги вршат континуирано на целата територија на Република Северна Македонија, согласно годишниот, кварталните и месечните планови и работни налози за вонредни активности. Дел од вонредните активности се:
- постапување по претставки,
- постапувањето во случај на сомнеж или појава на болест,
- зададени вонредни контроли од страна на ИСАХВ,
- контрола на исполнетоста на условите за одобрување на правни и физички лица за вршење на вет.-медицинаска дејност,
- издавање на сертификати за извоз на живи животни и карантин на увезени животни;
- контрола на спроведување на програми за мониторинг на здравствената состојба на диви животни,
- контрола на внатрешен промет на живи животни,
- други контроли зададени по налог на раководните структури.
Одделението се стреми кон унапредување и усовршување на професионално извршените контроли за потребите на инспекциската служба со редовно изработување на контролни листи за поефикасно извршување на надзорот. Определени редовни инспекциските контроли се сеопфатни и вклучуваат контрола на исполнетоста на условите од страна на субјектите, што треба да придонесе кон подобра ефективност и правилно користење на ресурсите при вршење на контролите.