Одделението за здравствена заштита на животните има обврска да ја следи здравствена состојба на животните на национално и меѓународно ниво, да спроведува надзор за рано откривање на болести кај животните, да спречува појава на нови болести кај животните и обезбедува повисоки стандарди за здравствена заштита на животните и заштита на јавното здравје.