Одделението за идентификација и регистрација на животните се наоѓа во рамките на Секторот за здравствена заштита и благосотојба на животните. Одделението има развиено активни модули за идентификација и регистрација на животни, како дел од информационениот систем на агенцијата за храна и ветеринарство (ИСАХВ). Работата на одделението за идентификација и регистрација на животните е следење и надградба на функционалностите на модулите за идентификација и регистрација на животните, поддршка и логистика на учесниците во системот на идентификација и регистрација на животните како и континуирано одржување на информационениот систем на Агенцијата за храна и ветеринарство.